Secuencia consenso de las lecturas Sanger

Junta las lecturas alineadas por iei_sanger() en una sola secuencia en coordenadas del genoma. En cada posicion gana la base con mas calidad sumada entre las lecturas; si dos lecturas buenas no coinciden, la posicion se marca como discordante y se escribe con el codigo IUPAC de las dos bases. Las inserciones respecto de la referencia no entran en el consenso; estan en la tabla de variantes.

Usage

iei_consenso(x, archivo = NULL, min_calidad = 20)

Arguments

x

Resultado de iei_sanger() (o de iei_anotar() sobre el).

archivo

Opcional, ruta de un FASTA donde guardar el consenso.

min_calidad

Calidad Phred minima para que una lectura cuente como discordante.

Value

Un tibble con pos, ref, consenso, lecturas (cuantas cubren la posicion) y discordante. El atributo secuencia tiene el consenso como texto.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
v <- iei_sanger(c("F.ab1", "R.ab1"), gen = "BTK")
cons <- iei_consenso(v, "BTK_consenso.fasta")
} # }