Anotar variantes con Ensembl VEP

Consulta Ensembl VEP para cada variante unica y agrega su consecuencia, nomenclatura HGVS, exon, frecuencias en gnomAD (global y del grupo mas alto), significancia en ClinVar y predictores. Usa el servidor de GRCh37 o GRCh38 segun el build. Las respuestas se guardan en una cache local por release de Ensembl, asi que repetir el analisis no vuelve a consultar y nunca se mezclan anotaciones de releases distintos.

Usage

iei_anotar(
  x,
  cache = tools::R_user_dir("ieiprio", "cache"),
  lote = 200,
  normalizar = TRUE,
  clinvar = TRUE,
  gnomad = FALSE,
  vep_json = NULL
)

Arguments

x

Tabla devuelta por iei_filtrar(), iei_sanger(), iei_variantes() o iei_leer_vcf().

cache

Carpeta de la cache, o FALSE para no usarla.

lote

Variantes por consulta. La API acepta hasta 200.

normalizar

Si TRUE, normaliza inserciones y deleciones.

clinvar

Si TRUE, descarga las variantes patogenicas de ClinVar de cada gen afectado para obtener las estrellas de revision y los criterios PS1, PM5 y PM1 (ver iei_priorizar()).

gnomad

Si TRUE, consulta en gnomAD los homocigotos, hemicigotos, la frecuencia filtrada al 95 % y la restriccion del gen. Es lento (gnomAD limita las consultas); conviene usarlo despues de filtrar, o aplicar iei_gnomad() solo a las candidatas.

vep_json

Ruta a la salida JSON de un VEP local, en lugar de la API.

Value

La tabla x con las columnas transcrito, mane, exon, consecuencia, impacto, hgvs_c, hgvs_p, af_gnomad (global), af_grpmax y grupo_grpmax (grupo poblacional mas alto), clinvar, proteina_id, pos_proteina, los predictores alphamissense, am_clase, revel y spliceai, y vep_release. Con clinvar = TRUE agrega clinvar_estrellas, ps1, pm5 y pm1; con gnomad = TRUE, las columnas de iei_gnomad(). REVEL es de uso no comercial.

Details

Antes de anotar, las inserciones y deleciones se normalizan (recorte de bases comunes y alineamiento a la izquierda contra la referencia), para que coincidan con gnomAD y ClinVar aunque el VCF las escriba de otra forma.

Para cada variante se elige un transcrito, en este orden de preferencia. Primero uno del mismo gen de la columna gen (si existe), luego el MANE Select, luego el canonico de Ensembl y por ultimo el de mayor impacto.

Privacidad. En modo en linea cada variante se envia a Ensembl (Reino Unido) y, con clinvar = TRUE, el gen se consulta en NCBI (Estados Unidos). Para no enviar nada, corre VEP en tu computadora con el archivo de iei_vep_entrada() y pasa su salida en vep_json, con clinvar = FALSE. Con options(ieiprio.sin_red = TRUE) el paquete se niega a hacer cualquier consulta externa.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
anot <- iei_anotar(iei_filtrar(iei_leer_vcf("paciente01.vcf.gz", sexo = "M")))
} # }