Dot plot de dos secuencias

Compara dos secuencias con el metodo clasico de ventanas. Se marca un punto en (i, j) cuando la ventana de ventana bases que empieza en la posicion i de x y la que empieza en la posicion j de y coinciden en al menos umbral bases. Dos secuencias iguales forman una diagonal. Una sustitucion apenas la interrumpe, una insercion o delecion la corta y la continua desplazada, y una repeticion aparece como diagonales paralelas.

Usage

iei_dotplot(
  x,
  y = NULL,
  gen = NULL,
  region = NULL,
  referencia = NULL,
  ventana = 10,
  umbral = 8,
  variante = 1,
  lectura = 1,
  build = c("GRCh38", "GRCh37"),
  cache = tools::R_user_dir("ieiprio", "cache")
)

Arguments

x

Secuencia escrita, ruta a un FASTA, .ab1 o .scf, o un resultado de iei_sanger().

y

Opcional, otra secuencia en cualquiera de esas formas.

gen, region, referencia, build, cache

Para comparar con la referencia genomica, como en iei_sanger().

ventana

Largo de la ventana en bases.

umbral

Coincidencias minimas dentro de la ventana para marcar un punto.

variante

Fila de x cuya posicion se marca, si x viene de iei_sanger(). NULL no marca nada.

lectura

Lectura de x a usar si trae varias (nombre o numero).

Value

Un grafico de ggplot2. Los puntos quedan en el atributo puntos.

Details

Si y no se da, x se compara con su referencia: la del alineamiento si x viene de iei_sanger(), o la de gen, region o referencia. Sin nada de eso, x se compara consigo misma, lo que muestra sus repeticiones. La lectura se orienta sola si esta en la hebra reversa.

Examples

ab1 <- iei_ejemplo_sanger()
#> Cromatogramas de ejemplo en /tmp/RtmpEJUhwz/sanger_19cf1f4a7a12.
ref <- system.file("extdata", "btk_referencia.fa", package = "ieiprio")
v <- iei_sanger(ab1, gen = "BTK", sexo = "M", referencia = ref)
#> BTK_c1632-2_F.ab1: hebra +, 461 bases alineadas en X:101353757-101354217,
#> identidad 99.8%.
#> BTK_c1632-2_R.ab1: hebra -, 461 bases alineadas en X:101353758-101354218,
#> identidad 99.8%.
iei_dotplot(v)

iei_dotplot("ACGTTGCAACGTAGGCTTACGATCGATCGGATCCATGCA",
            "ACGTTGCAACGTAGGCTTACGGGGATCGATCGGATCCATGCA", ventana = 6, umbral = 5)