Filtrar por frecuencia poblacional segun el modo de herencia

Descarta variantes demasiado frecuentes en gnomAD para causar una enfermedad rara. El umbral depende de la herencia del gen, porque una variante recesiva puede ser mas frecuente que una dominante. Se compara la frecuencia filtrada al 95 % si se consulto gnomAD, si no la del grupo poblacional mas alto (grpmax) y, si tampoco esta, la global. Las variantes ausentes de gnomAD siempre pasan.

Usage

iei_filtrar_frecuencia(
  x,
  max_af = c(AD = 1e-04, XL = 1e-04, AR = 0.01, `AR/AD` = 0.01, MT = 0.01)
)

Arguments

x

Tabla devuelta por iei_anotar(), con columna gen.

max_af

Umbrales por modo de herencia. Los genes sin herencia conocida usan el de AR.

Value

La tabla filtrada, con el paso "Frecuencia" agregado a la bitacora.