Skip to contents

Estima el sexo de cada muestra con la proporcion de variantes heterocigotas en el cromosoma X fuera de las regiones pseudoautosomicas. Un varon casi no tiene heterocigotos ahi. Lo compara con el sexo declarado en iei_leer_vcf(), porque un error en ese dato cambia la interpretacion de todos los genes ligados al X.

Usage

iei_verificar_sexo(vcf, minimo = 20)

Arguments

vcf

Tabla devuelta por iei_leer_vcf(), antes de filtrar.

minimo

Numero minimo de variantes en el X para estimar.

Value

Un tibble con muestra, sexo_declarado, sexo_inferido (M, F, indeterminado o NA si hay pocas variantes), frac_het_x, n_variantes_x y concordante.