Ordena los genes del panel segun cuanto se parece el fenotipo del caso al fenotipo conocido de cada gen. Sirve antes de tener variantes, para saber que genes mirar primero, o para elegir el panel de una secuenciacion dirigida.
Usage
iei_buscar_fenotipo(
fenotipo,
n = 20,
evidencia = "verde",
herencia = NULL,
similitud = c("enfermedad", "semantica", "exacta"),
ausentes = NULL,
p_valor = FALSE,
permutaciones = 200
)Arguments
- fenotipo
Codigos HPO o texto en espanol o ingles, como en
iei_priorizar().- n
Numero de genes a devolver.
- evidencia
Niveles de evidencia de PanelApp a considerar.
- herencia
Opcional, limitar a uno o varios modos de herencia (
"AR","AD","XL","MT").- similitud
"enfermedad","semantica"o"exacta".- ausentes
Signos que el caso no tiene y que ayudan a descartar, por ejemplo
"eccema"cuando se piensa en Wiskott-Aldrich. Mismo formato quefenotipo.- p_valor
Si
TRUE, agrega un valor p empirico: la proporcion de fenotipos al azar del mismo tamano que dan una similitud igual o mayor con ese gen. Ayuda a ver si un gen sale primero por el caso o porque su fenotipo es tan amplio que encaja con casi todo.- permutaciones
Fenotipos al azar para el valor p.
Value
Un tibble de clase iei_busqueda con gen, similitud (0 a 1),
especificidad (0 a 1, cuanto del fenotipo conocido del gen se parece al
del caso; desempata), exactos (terminos identicos), terminos_gen,
enfermedad (la mas parecida, con su identificador OMIM u Orphanet),
herencia, categorias_iuis, p_valor si se pidio y coincidencias
(para cada termino del caso, el termino mas parecido de la enfermedad o
del gen). Se grafica con plot() o autoplot().
Details
Con similitud = "enfermedad" (por defecto) el caso se compara con cada
enfermedad anotada en HPO por separado, porque un mismo gen puede causar
cuadros muy distintos (STAT1 con ganancia o con perdida de funcion, por
ejemplo). Para cada signo del caso se busca el signo mas parecido de la
enfermedad usando la jerarquia de HPO, y ese parecido se pesa por la
frecuencia del signo en la enfermedad: un signo constante cuenta entero y
uno que aparece en el 5% de los pacientes cuenta la mitad. Si la
enfermedad excluye un signo que el caso tiene (anotacion NOT de HPO), ese
signo resta. Los ausentes restan segun lo frecuentes que son en la
enfermedad. El valor del gen es el de su enfermedad mas parecida, que se
muestra en la columna enfermedad. Los genes sin anotaciones por
enfermedad se comparan con sus terminos de gen.
Con "semantica" se compara con todos los terminos del gen juntos, como
en la version 0.3, y con "exacta" solo cuentan los terminos identicos.
iei_validar_fenotipo() compara los tres metodos con casos simulados.
Examples
iei_buscar_fenotipo(c("agammaglobulinemia", "neumonia recurrente"))
#> ℹ Fenotipo interpretado como:
#> • agammaglobulinemia → HP:0004432 Agammaglobulinemia
#> • neumonia recurrente → HP:0006532 Recurrent pneumonia
#> Genes candidatos por fenotipo (enfermedad)
#> Fenotipo: HP:0004432 Agammaglobulinemia; HP:0006532 Recurrent pneumonia
#> # A tibble: 20 × 6
#> gen similitud especificidad enfermedad herencia categorias_iuis
#> <chr> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr>
#> 1 CD79B 1 0.372 Agammaglobulinemia … AR 3
#> 2 BLNK 1 0.359 Agammaglobulinemia … AR 3
#> 3 IGLL1 1 0.349 Agammaglobulinemia … AR 3
#> 4 BTK 0.948 0.308 X-linked agammaglob… XL 3
#> 5 CD79A 0.921 0.333 Agammaglobulinemia … AR 3
#> 6 CIITA 0.921 0.277 Bare lymphocyte syn… AR 1
#> 7 IL2RG 0.89 0.316 Severe combined imm… XL 1
#> 8 RAG1 0.89 0.247 Omenn syndrome (OMI… AR 1
#> 9 RAG2 0.89 0.247 Omenn syndrome (OMI… AR 1
#> 10 DCLRE1C 0.89 0.224 Omenn syndrome (OMI… AR 1
#> 11 CD3E 0.797 0.438 Immunodeficiency 18… AR 1
#> 12 CD19 0.797 0.431 Immunodeficiency, c… AR 3
#> 13 ICOS 0.797 0.42 Immunodeficiency, c… AR 1
#> 14 IL21R 0.797 0.402 Immunodeficiency 56… AR NA
#> 15 LAT 0.797 0.388 Immunodeficiency 52… AR 1
#> 16 RFXAP 0.797 0.329 MHC class II defici… AR 1
#> 17 MTHFD1 0.797 0.292 Combined immunodefi… AR 2
#> 18 CR2 0.797 0.275 Immunodeficiency, c… AR 3
#> 19 ADA 0.797 0.269 Severe combined imm… AR 1
#> 20 PTCRA 0.797 0.247 Immunodeficiency 12… AR NA
#> Detalle de cada coincidencia en la columna coincidencias. Grafico: plot(x) o
#> autoplot(x).
iei_buscar_fenotipo("HP:0002728", herencia = "AD")
#> Genes candidatos por fenotipo (enfermedad)
#> Fenotipo: HP:0002728 Recurrent mucocutaneous candidiasis
#> # A tibble: 20 × 6
#> gen similitud especificidad enfermedad herencia categorias_iuis
#> <chr> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr>
#> 1 IKBKB 1 0.385 Immunodeficiency 15… AR/AD 1
#> 2 STAT1 1 0.206 Immunodeficiency 31… AR/AD 6
#> 3 AIRE 1 0.146 Autoimmune polyendo… AR/AD NA
#> 4 ITPR3 1 0.139 Immunodeficiency 13… AR/AD 1
#> 5 IKZF2 1 0.134 Immunodysregulation… AD 1
#> 6 GATA2 0.859 0.133 Immunodeficiency 21… AD 5
#> 7 STAT3 0.859 0.113 Hyper-IgE recurrent… AD 2;4
#> 8 CARD11 0.828 0.295 Card11 immunodefici… AR/AD 1;2;3
#> 9 PIK3CD 0.828 0.173 Immunodeficiency 14… AR/AD 3
#> 10 FOXN1 0.789 0.293 Immune defect due t… AR/AD 2
#> 11 OTULIN 0.789 0.157 Immunodeficiency 10… AR/AD 6;7
#> 12 TRAF3 0.789 0.14 Immunodeficiency 13… AD 4;7
#> 13 SEC61A1 0.789 0.134 Tubulointerstitial … AD 3
#> 14 TOP2B 0.789 0.106 B-cell immunodefici… AD 3
#> 15 NFKBIA 0.772 0.226 Hypohidrotic ectode… AD 2
#> 16 SPI1 0.748 0.241 Autosomal non-syndr… AD 3
#> 17 TCF3 0.748 0.208 Autosomal non-syndr… AR/AD 3
#> 18 PIK3R1 0.748 0.123 Autosomal non-syndr… AR/AD 3
#> 19 NFE2L2 0.691 0.097 Immunodeficiency, d… AD 2
#> 20 GFI1 0.61 0.209 Autosomal dominant … AD 5
#> Detalle de cada coincidencia en la columna coincidencias. Grafico: plot(x) o
#> autoplot(x).
iei_buscar_fenotipo(c("trombocitopenia", "infecciones recurrentes"), ausentes = "eccema")
#> ℹ Fenotipo interpretado como:
#> • trombocitopenia → HP:0001873 Thrombocytopenia
#> • infecciones recurrentes → HP:0002719 Recurrent infections
#> ℹ Fenotipo interpretado como:
#> • eccema → HP:0000964 Eczematoid dermatitis
#> Genes candidatos por fenotipo (enfermedad)
#> Fenotipo: HP:0001873 Thrombocytopenia; HP:0002719 Recurrent infections
#> Ausentes: HP:0000964 Eczematoid dermatitis
#> # A tibble: 20 × 6
#> gen similitud especificidad enfermedad herencia categorias_iuis
#> <chr> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr>
#> 1 VPS45 1 0.325 Neutropenia, severe… AR 5
#> 2 IRF8 1 0.322 Immunodeficiency 32… AR/AD 6
#> 3 ITK 1 0.283 Lymphoproliferative… AR 4
#> 4 LRBA 1 0.256 Immunodeficiency, c… AR 4
#> 5 LCK 1 0.253 Immunodeficiency 22… AR 1
#> 6 SH2D1A 1 0.253 Lymphoproliferative… XL 4
#> 7 MAGT1 1 0.244 Immunodeficiency, X… XL 4
#> 8 XIAP 1 0.231 Lymphoproliferative… XL 4
#> 9 ADA 1 0.197 Severe combined imm… AR 1
#> 10 CD81 1 0.193 Immunodeficiency, c… AR 3
#> 11 CD40LG 1 0.188 Immunodeficiency, X… XL 1
#> 12 PNP 1 0.186 Immunodeficiency du… AR 2
#> 13 STXBP2 1 0.174 Hemophagocytic lymp… AR 4
#> 14 G6PC3 1 0.163 Neutropenia, severe… AR 5
#> 15 NHEJ1 1 0.163 Immunodeficiency 12… AR 1
#> 16 SLC46A1 1 0.159 Folate malabsorptio… AR 2
#> 17 SEC61A1 1 0.147 Neutropenia, severe… AD 3
#> 18 STIM1 1 0.145 Immunodeficiency 10… AR 2
#> 19 AP3B1 1 0.139 Hermansky-Pudlak sy… AR 4
#> 20 LYST 1 0.136 Chediak-Higashi syn… AR 4
#> Detalle de cada coincidencia en la columna coincidencias. Grafico: plot(x) o
#> autoplot(x).