Priorizar variantes

Asigna a cada variante un puntaje y una categoria (alta, media o baja), con una columna razones que explica de donde sale cada punto. Las variantes clasificadas como benignas en ClinVar se descartan y quedan en la bitacora.

Usage

iei_priorizar(
  x,
  fenotipo = NULL,
  categoria = NULL,
  pesos = iei_pesos(),
  similitud = c("enfermedad", "semantica", "exacta"),
  fenotipo_ausente = NULL,
  panel = ieiprio::iuis_panel,
  hpo = ieiprio::hpo_genes,
  categorias = ieiprio::iuis_categorias,
  enfermedades = ieiprio::hpo_enfermedades
)

Arguments

x

Tabla devuelta por iei_anotar() o iei_filtrar_frecuencia().

fenotipo

Fenotipo del caso, como codigos HPO (c("HP:0004313", "HP:0002719")) o como texto en espanol o ingles (c("agammaglobulinemia", "neumonia recurrente")). El texto se traduce a HPO y se informa la traduccion; ver iei_buscar_hpo().

categoria

Categorias IUIS sospechadas (1 a 10), alternativa a fenotipo.

pesos

Lista de pesos, ver iei_pesos().

similitud

"enfermedad", "semantica" o "exacta", como se compara el fenotipo con el del gen.

fenotipo_ausente

Signos que el caso no tiene, en el mismo formato que fenotipo. Restan a los genes cuyas enfermedades suelen tenerlos.

panel, hpo, categorias, enfermedades

Tablas de referencia. Por defecto los datos del paquete.

Value

La tabla con el desglose del puntaje (p_clinvar, p_impacto, p_frecuencia, p_predictores, p_herencia, p_fenotipo), el puntaje total, la categoria, las razones, una nota clinica, acmg con los criterios ACMG/AMP sugeridos (PVS1 graduado, PS1, PM1, PM2, PM3, PM4, PM5, PP2, PP3, PP4, BA1, BS1, BS2, BP4 y BP7, segun los datos disponibles), acmg_puntos con su suma en el sistema de puntos de Tavtigian y colaboradores (2020) y acmg_clase con la clase que corresponde. Los criterios son orientativos y deben ser revisados por un especialista. Ordenada por muestra y puntaje. Es un objeto iei_resultado, que se comporta como tibble y tiene metodos print(), summary() y plot(); ver tambien iei_tabla() y iei_metadatos().

Details

Los componentes del puntaje son estos.

• ClinVar. Patogenica o probablemente patogenica suma 4 con dos o mas estrellas de revision (o si no se pudieron verificar), 3 con una estrella y 1 sin estrellas. Con interpretaciones en conflicto suma 1.

• Impacto. Alto (stop, frameshift, splicing canonico) suma 3. Moderado (missense, inframe) suma 1. En genes con enfermedad por ganancia de funcion una missense cuenta como impacto alto.

• Frecuencia. Ausente de gnomAD suma 1.

• Predictores. REVEL, AlphaMissense o SpliceAI por encima de sus umbrales calibrados suman 1 (PP3). Si todos los disponibles indican efecto benigno restan 1 (BP4).

• Herencia. Genotipo compatible con el modo del gen suma 2. En genes autosomicos recesivos, dos heterocigotos en el mismo gen y la misma muestra se marcan como posible heterocigoto compuesto y suman 2; un heterocigoto solo resta 2, se marca como portador y nunca queda en prioridad alta, aunque el fenotipo encaje.

• Fenotipo. Parecido entre el fenotipo del caso y el del gen, escalado de 0 a 3. Cada termino del caso se compara con el mas parecido usando la jerarquia de HPO: un termino igual o mas especifico vale 1 y uno emparentado vale menos segun cuanta informacion comparten, asi "neumonia recurrente" suma para un gen anotado con "infecciones respiratorias recurrentes". Con similitud = "enfermedad" (por defecto) la comparacion se hace con cada enfermedad del gen por separado, pesando cada signo por su frecuencia y restando los signos que la enfermedad excluye y los fenotipo_ausente; las razones nombran la enfermedad mas parecida. Con "semantica" se usan todos los terminos del gen juntos y con "exacta" solo los identicos (ver iei_buscar_fenotipo()). Un gen en la categoria IUIS indicada recibe 3 puntos.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
prior <- iei_priorizar(anot, fenotipo = c("HP:0004313", "HP:0002719"))
} # }