Generar el reporte HTML de un paciente

Crea un archivo HTML autocontenido, sin dependencias externas, con las variantes priorizadas de una muestra, una ficha por cada variante de prioridad alta, la bitacora del filtrado, las versiones de todas las fuentes de datos y las limitaciones del analisis. Se puede abrir en cualquier navegador y enviar por correo.

Usage

iei_reporte(
  x,
  archivo,
  paciente = NULL,
  responsable = NULL,
  panel = ieiprio::iuis_panel,
  dominios = TRUE,
  cache = tools::R_user_dir("ieiprio", "cache")
)

Arguments

x

Tabla devuelta por iei_priorizar().

archivo

Ruta del HTML a crear.

paciente

Codigo de la muestra. Obligatorio si x tiene varias.

responsable

Nombre de quien firma el analisis (opcional).

panel

Tabla de genes, por defecto iuis_panel.

dominios

Si TRUE, consulta en Ensembl el largo y los dominios de cada proteina para dibujar el diagrama de la variante. Usa cache.

cache

Carpeta de la cache, o FALSE para no usarla.

Value

La ruta del archivo, de forma invisible.

Details

El reporte usa solo el codigo de la muestra. No incluyas nombres ni datos que identifiquen al paciente.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
iei_reporte(prior, "P01.html", paciente = "P01")
} # }