Mapa circular del panel en el genoma

Dibuja los cromosomas en circulo con los genes del panel coloreados por categoria IUIS y, si se le pasa un resultado o una busqueda, marca encima las variantes o los genes candidatos. Esta inspirado en los graficos de circlize y sirve para ver de un vistazo donde estan los genes del panel, en que categoria cae cada candidato y como se reparten las variantes de un caso o de una cohorte.

Usage

iei_circos(
  x = NULL,
  build = c("GRCh38", "GRCh37"),
  etiquetas = 15,
  titulo = NULL
)

Arguments

x

NULL, un resultado de iei_priorizar() o una busqueda de iei_buscar_fenotipo().

build

Version del genoma.

etiquetas

Cuantos genes rotular.

titulo

Titulo del grafico; NULL usa uno por defecto.

Value

No devuelve nada; dibuja en el dispositivo grafico activo.

Details

• Sin x, muestra el panel completo con la densidad de genes por region.

• Con un resultado de iei_priorizar(), cada variante es un punto cuya distancia al centro es su puntaje y cuyo color es su prioridad. Se rotulan los genes de las mejores variantes.

• Con una busqueda de iei_buscar_fenotipo(), cada gen candidato es una barra tan alta como su similitud, y los candidatos que comparten categoria IUIS se unen por dentro.

See also

iei_cariograma() para la misma informacion en cromosomas lineales.

Examples

# \donttest{
if (requireNamespace("circlize", quietly = TRUE)) {
  iei_circos()
  b <- iei_buscar_fenotipo(c("agammaglobulinemia", "neumonia recurrente"), n = 15)
  iei_circos(b)
}

#> ℹ Fenotipo interpretado como:
#> • agammaglobulinemia → HP:0004432 Agammaglobulinemia
#> • neumonia recurrente → HP:0006532 Recurrent pneumonia

# }