Graficar el cromatograma alrededor de una variante

Dibuja las cuatro trazas de cada lectura .ab1 en una ventana alrededor de una variante encontrada por iei_sanger(), con la base llamada arriba y la base de referencia abajo. Las lecturas reversas se muestran ya complementadas y en el sentido del genoma, para compararlas directamente con las directas.

Usage

iei_cromatograma(
  x,
  variante = 1,
  posicion = NULL,
  lectura = NULL,
  ventana = 12,
  estilo = c("clasico", "iei")
)

Arguments

x: Resultado de iei_sanger(), o de iei_anotar() o iei_priorizar() aplicados sobre el.
variante: Fila de x a mostrar.
posicion: Alternativa a variante: posicion genomica a mostrar, util para revisar una zona sin variante o la marcada como posible indel.
lectura: Nombre de la lectura a mostrar. Por defecto, todas las que cubren la posicion.
ventana: Bases a cada lado de la posicion.
estilo: "clasico" (por defecto) dibuja las trazas sobre fondo blanco, como un visor de cromatogramas. "iei" usa el tema del resto de los graficos del paquete.

Value

Un grafico de ggplot2.

Examples

ab1 <- iei_ejemplo_sanger("het")
#> Cromatogramas de ejemplo en /tmp/RtmpEJUhwz/sanger_19cf5335f36c.
ref <- system.file("extdata", "btk_referencia.fa", package = "ieiprio")
v <- iei_sanger(ab1, gen = "BTK", referencia = ref)
#> BTK_c1632-2_F.ab1: hebra +, 461 bases alineadas en X:101353757-101354217,
#> identidad 99.8%.
#> BTK_c1632-2_R.ab1: hebra -, 461 bases alineadas en X:101353758-101354218,
#> identidad 99.8%.
# \donttest{
iei_cromatograma(v)

iei_cromatograma(v, estilo = "iei")

# }