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Graficar un resultado

Source: R/clase.R
plot.iei_resultado.Rd

Devuelve un grafico de ggplot2 que puedes modificar como cualquier otro (agregar temas, cambiar colores, combinar con patchwork). Con interactivo = TRUE lo convierte con plotly.

Usage

# S3 method for class 'iei_resultado'
plot(
  x,
  tipo = c("puntaje", "categorias", "genes", "predictores", "mapa", "oncoplot",
    "cariotipo", "circos"),
  n = 20,
  interactivo = FALSE,
  ...
)

Arguments

x

Resultado de iei_priorizar() o iei_analizar().

tipo

Que graficar.

  • "puntaje" el desglose del puntaje de cada variante por componente.

  • "categorias" cuantas variantes hay en cada prioridad por muestra.

  • "genes" los genes con mayor puntaje.

  • "predictores" REVEL contra AlphaMissense, con los umbrales usados.

  • "mapa" el mejor puntaje de cada gen en cada muestra, para comparar varias muestras de una cohorte.

  • "oncoplot" el tipo de variante de cada gen en cada muestra, al estilo de maftools, con el total por gen al costado.

  • "cariotipo" las variantes sobre los cromosomas (iei_cariograma()).

  • "circos" las variantes sobre el genoma en circulo (iei_circos()); dibuja con graficos base y no devuelve un ggplot.

n

Numero maximo de variantes o genes a mostrar.

interactivo

Si TRUE, devuelve un grafico de plotly.

...

No se usa.

Value

Un objeto ggplot, o plotly si interactivo = TRUE.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
res <- iei_analizar(iei_ejemplo_vcf(), sexo = "M", carpeta = NULL)
plot(res)
plot(res, tipo = "cariotipo")
plot(res, tipo = "predictores", interactivo = TRUE)
} # }