Graficos con autoplot — autoplot.iei • ieiprio

Metodos de ggplot2::autoplot() para los objetos de ieiprio. Devuelven un grafico de ggplot2 que puedes modificar (temas, colores, facetas) o combinar con otros. plot() hace lo mismo.

Usage

# S3 method for class 'iei_resultado'
autoplot(
  object,
  tipo = c("puntaje", "categorias", "genes", "predictores", "mapa"),
  n = 20,
  ...
)

# S3 method for class 'iei_gen'
autoplot(object, tipo = c("proteina", "dominios", "clinvar"), ...)

# S3 method for class 'iei_busqueda'
autoplot(object, tipo = c("ranking", "mapa", "cariotipo"), n = 20, ...)

# S3 method for class 'iei_validacion'
autoplot(object, hasta = 20, ...)

# S3 method for class 'iei_ab1'
autoplot(object, desde = 1, hasta = min(desde + 59, nchar(object$bases)), ...)

Arguments

object: Objeto de ieiprio.
tipo: Que graficar; depende del objeto.
n: Numero maximo de elementos a mostrar.
...: Otros argumentos; en resultados se pasan a plot.iei_resultado().
desde, hasta: Bases del cromatograma a mostrar; en una validacion, hasta es el ultimo puesto de la curva.

Value

Un objeto ggplot.

Details

Un resultado de iei_priorizar() acepta los tipos de plot.iei_resultado(): "puntaje", "categorias", "genes", "predictores" y "mapa" (genes por muestra, util para cohortes).
Una ficha de iei_gen() muestra las variantes patogenicas de ClinVar sobre la proteina con sus dominios ("proteina"), cuantas variantes acumula cada dominio frente al promedio ("dominios") o el reparto de todas las variantes por clasificacion ("clinvar").
Una busqueda de iei_buscar_fenotipo() muestra el ranking de genes ("ranking"), la similitud de cada termino del caso con cada gen ("mapa") o los candidatos sobre los cromosomas ("cariotipo"). Con plot() acepta ademas "acordes", un diagrama de cuerdas entre los signos del caso y los genes, y "circos", el genoma en circulo; ambos usan circlize y dibujan con graficos base.
Un cromatograma de iei_leer_ab1() muestra las trazas de un tramo.
Una validacion de iei_validar_fenotipo() muestra, para cada metodo, el porcentaje de casos con el gen correcto entre los primeros puestos.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
library(ggplot2)
autoplot(iei_buscar_fenotipo(c("agammaglobulinemia", "neumonia recurrente")))
autoplot(iei_gen("BTK"))
autoplot(prior, tipo = "mapa")
} # }